Rada Doktorantów Uniwersytetu Gdańskiego dysponuje budżetem, który jest wydatkowany na działalność naukową zarówno indywidualnych doktorantów, wydziałowych rad doktorantów, rad doktorantów szkół doktorskich, jak i organizacji doktoranckich (np. kół naukowych). Indywidualni doktoranci mogą otrzymać dofinansowanie (do 1000 zł) na wyjazdy konferencyjne (tylko w wypadku wygłaszania referatu lub prezentacji posterowej) oraz kwerendy naukowe lub szkolenia (do 400 zł).
Dystrybuowaniem środków zajmuje się Komisja Budżetowa Rady Doktorantów Uniwersytetu Gdańskiego.